Bước đầu xác định mối liên quan giữa SNP RS12922061 trên gen TOX3 và nguy cơ ung thư vú ở người Việt Nam

Y Học TP. Hồ Chí Minh * Phụ Bản Tập 23 * Số 5 * 2019 Nghiên cứu Y học Chuyên Đề Y Tế Công Cộng 599 BƯỚC ĐẦU XÁC ĐỊNH MỐI LIÊN QUAN GIỮA SNP RS12922061 TRÊN GEN TOX3 VÀ NGUY CƠ UNG THƯ VÚ Ở NGƯỜI VIỆT NAM Nguyễn Thị Huệ*, Lương Thị Thu Vân*, Nguyễn Thị Ngọc Thanh** TÓM TẮT Đặt vấn đề: RS12922061 trên gen TOX3 đã được chứng minh làm tăng nguy cơ mắc ung thư vú ở phụ nữ Nhật Bản, Trung Quốc. Nhưng ở Việt Nam, thông tin về SNP còn khá hạn chế. Mục tiêu: Bước đầu khảo sát mối tương quan giữa rs12922061 với ung thư vú ở quần thể người Việt Nam. Phương pháp nghiên cứu: Xây dựng phương pháp xác định kiểu gen (HRM) của rs12922061. Phân tích mối tương quan giữa SNP với ung thư vú trên bộ mẫu 100 bệnh/chứng bằng phương pháp bệnh/chứng. Kết quả: Phương pháp xác định kiểu gen của rs12922061 được xây dựng có độ nhạy, độ ổn định và độ đặt hiệu cao. Kết quả bước đầu cho thấy SNP này có tính đa hình cao trong quần thể người Việt Nam với tần số alen T ở nhóm bệnh là 33%, nhóm chứng là 41%. Giá trị P >0,05 trong phân tích chi – square Test và hôì quy logisstic chưa cho thấy mối liên quan giữa rs12922061 với ung thư vú. Độ tin cậy của phân tích 14,9% chưa đủ để xác nhận vai trò của SNP trong ung thư vú. Kết luận: Đây là SNP tiềm năng cho phân tích mối liên quan đến nguy cơ ung thư vú. Sự tác động của SNP đến ung thư vú có thể được xác nhận nếu thực hiện phân tích trên cỡ mẫu 800 bệnh/chứng, với độ tin cậy đạt tới 75%. Từ khóa: ung thư vú, nghiên cứu mối liên quan ABSTRACT INITIAL DETERMINATION OF THE ASSOCIATION BETWEEN SNP R12922061 ON TOX3 AND BREAST CANCER IN VIETNAM Luong Thi Thu Van, Nguyen Thi Ngoc Thanh, Nguyen Thi Hue * Ho Chi Minh City Journal of Medicine * Supplement of Vol. 23 – No. 5 - 2019: 599 – 605 Background: In particular, rs12922061 on TOX3 gene has been shown to increase the risk of breast cancer in Japanese and Chinese women. In Vietnam, there is still a limitation on the information of this SNP. Objectives: This study was conducted to initially investigating the relationship between the target SNP and the risk Breast cancer in the Vietnamese population on a set of 100 cases/controls. Methods: Developing HRM method for rs12922061. The association between SNP and breast cancer in the Vietnamese population on a sample of 100 cases/controls was analyzed by disease/control method (case/study). Results: The optimal HRM condition for genotyping SNP rs12922061 was successfully developed with high sensitivity, stability and specificity. The initial results showed that this SNP is highly polymorphism in Vietnamese population, with T allele occupied 33% in the breast cancer cases and 41% in the controls. The result of statistic analysis did not show the relationship between the SNP and the risk of the breast cancer in Vietnamese (p> 0.05). The power of this analysis is quite low (14.9%), that leads to a suspectation about the relationship. Conclusions: It is a potential SNP for genetic association analysis. A stronger conclusion about this association will be have if the analysis is conducted in a sample of 800 cases/800 control with the power of 75%. Keywords: breast cancer, association study *Trường Đại học Khoa học Tự nhiên Tác giả liên lạc: TS. Nguyễn Thị Huệ ĐT: 0903914179 Email: [email protected] Nghiên cứu Y học Y Học TP. Hồ Chí Minh * Phụ Bản Tập 23 * Số 5 * 2018 Chuyên Đề Y Tế Công Cộng 600 ĐẶT VẤN ĐỀ Với tỷ lệ mắc bệnh, tử vong năm 2018 lần lượt là 2,1 triệu ca và 626.679 ca, ung thư vú đã trở thành nguyên nhân gây tử vong hàng đầu ở phụ nữ trên toàn thế giới(5). Nhiều nghiên cứu hiện nay tập trung tìm kiếm mối liên quan giữa những yếu tố di truyền với ung thư vú, nhằm tìm kiếm các chỉ thị di truyền đặc trưng, cung cấp thông tin cho việc phát hiện sớm nguy cơ gây bệnh(1). Mối tương quan giữa các đa hình đơn nucleotid (Single nucleotide polymorrphism, SNP) trên những gen tham gia sửa sai DNA, kích hoạt chu trình apoptosis của tế bào (TOX3, ERCC1, TP53) là một trong những yếu tố di truyền đang được quan tâm(6). Trong đó, rs12922061 trên gen TOX3 (TOX high mobility group box family member 3) được chứng minh gia tăng nguy cơ mắc ung thư vú ở quần thể người Nhật Bản, Trung Quốc khi mang alen T với tỷ số nguy cơ lần lượt là 1,23 (T vs. C: OR [95% CI] = 1,23 [1,15 – 1,31], P <0,001)(2) và 1,81 (T vs. C: OR [95%CI] = 1,81 [1,17 – 2,80]; P=0,008)(4). Tuy nhiên, ở Việt Nam, những thông tin này còn khá hạn chế. Mục tiêu nghiên cứu Xác định mối tương quan giữa rs12922061 với nguy cơ ung thư vú ở người Việt Nam, cung cấp thông tin cho việc chẩn đoán nguy cơ mắc ung thư vú cho người Việt Nam. ĐỐI TƯƠNG - PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU Đối tượng nghiên cứu 200 mẫu máu toàn phần thu nhận với sự chấp thuận của Hội đồng y đức bệnh viện Ung Bướu TP. Hồ Chí Minh với quyết định số 1177/HĐĐĐ-CĐT, 18.11.2014. Trong đó, 100 mẫu bệnh lấy từ bệnh nhân nữ được chẩn đoán mắc ung thư vú ác tính và chuẩn bị mổ, 100 mẫu đối chứng lấy từ những phụ nữ khỏe mạnh (không có dấu hiệu ung thư) tại thời điểm thu mẫu. Hai nhóm mẫu được sử dụng cho nghiên cứu giống nhau về giới tính, dân tộc và cân bằng độ tuổi. Mẫu máu thu nhận được chứa trong các ống lấy máu EDTA và được vận chuyển về phòng thí nghiệm trong ngày, bảo quản ở -20oC trước khi thực hiện tách chiết DNA. DNA bộ gen ly trích từ máu toàn phần bằng phương pháp tủa muối theo quy trình được xây dựng bởi PGS. TS Nguyễn Thị Huệ(7). Mẫu DNA sau tách chiết được xác định nồng độ và độ tinh sạch bằng các giá trị OD260/OD280 đo từ máy NanoDrop 1000 Spectrophotometer (Thermo Scientific, USA). Các mẫu DNA có tỉ lệ OD260/OD280 trong khoảng từ 1,7 – 2,0 được sử dụng để pha loãng xuống nồng độ 10ng/μl, chuẩn bị cho khảo sát kiểu gen. Xây dựng và tối ưu phương pháp xác định kiểu gen (High resolution melting, HRM) của rs12922061 Chọn vùng trình tự có chứa SNP mục tiêu với mã số NC_000016.9, tại vị trí 52601088 trên ngân hàng gen. Cặp mồi HRM được thiết kế bằng Primer3Plus ( bin/primer3plus/primer3plus.cgi) và được kiểm tra độ đặc hiệu, khả năng hình thành cấu trúc thứ cấp bằng Primer-Blast (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/), OligoAnalyzer (https://sg.idtdna.com/calc/analyzer). Hình dạng, sự tách biệt của các đường cong nóng chảy đặc trưng cho từng kiểu gen của SNP ở các nồng độ MgCl2 khác nhau được dự đoán bằng uMelt HETS (https://www.dna.utah.edu/hets/umh.php). Cặp mồi sau khi xây dựng được khảo sát nhiệt độ bắt cặp tối ưu (Ta) bằng phản ứng PCR trên bộ kit Hotstart Taq Master Mix (QUIAGEN). Sản phẩm PCR được kiểm tra định tính bằng phương pháp điện di (90V, 15 phút) trên gel agarose 2% với thang chuẩn 50bp DNA (Thermo fisher Scientific). Thực hiện phản ứng HRM bằng bộ kit Light Cycler® 480 High Resolution Melting Master (Roche) cho một số mẫu DNA ngẫu nhiên trên hệ thống máy Real – time PCR Light Cycler 96 (Roche) với Ta tối ưu và nồng độ MgCl2 dự đoán trên Umelt Helts. Từ kết quả phân tích trên Cycler® 96 Version 1.1, chọn 3 mẫu DNA có hình dạng đường cong nóng chảy gần giống với kết quả dự đoán và nghi ngờ là đại diện cho các Y Học TP. Hồ Chí Minh * Phụ Bản Tập 23 * Số 5 * 2019 Nghiên cứu Y học Chuyên Đề Y Tế Công Cộng 601 kiểu gen khác nhau của SNP để giải trình tự, xác định chính xác kiểu gen. Bằng cách này, 3 mẫu đối chứng đại diện cho 3 kiểu gen của SNP được sử dụng để chuẩn hóa phương pháp HRM thông qua khảo sát sự tách biệt các đường cong nóng chảy của chúng ở những nồng độ MgCl2 khác nhau và dùng làm mẫu chứng dương để xác định kiểu gen của các mẫu DNA thu nhận bằng phương pháp HRM. Các mẫu DNA có đường cong nóng chảy hợp thành một nhóm với mẫu chứng sẽ được xác định kiểu gen tương ứng. Dựa vào số kiểu gen xác định được trên tổng số mẫu để tính tần số alen và kiểu gen của SNP rs12922061, từ đó kiểm tra mối tương quan của SNP mục tiêu với ung thư vú ở quần thể người Việt Nam. Đánh giá điều kiện tối ưu của phương pháp xác định kiểu gen SNP mục tiêu Điều kiện tối ưu của phương pháp HRM được đánh giá thông qua tiêu chí về độ nhạy, độ ổn định, độ đặc hiệu. Trong đó, độ nhạy được đánh giá dựa vào tỉ lệ số mẫu DNA xác định thành công kiểu gen sau lần chạy đầu tiên với nồng độ DNA là 20ng/μl và không lặp lại. Độ ổn định được đánh giá qua phép so sánh giữa Tm của các mẫu chứng được lặp lại qua nhiều lần chạy với giá trị Tm trung bình của các nhóm mẫu chứng và so sánh Tm của các mẫu trong cùng kiểu gen với Tm trung bình của các mẫu chứng có kiểu gen tương ứng bằng thuật toán T.test trên phần mềm thống kê R (R i386 3.4.0), đảm bảo các mẫu thành công có đường cong nóng chảy trùng với đường cong nóng chảy của mẫu chứng, qua đó có thể xác định kiểu gen một cách chính xác. Độ đặc hiệu là mức độ tách biệt Tm đặc trưng cho từng kiểu gen của 3 mẫu chứng và các mẫu DNA, được phân tích bằng kiểm định ANOVA test thông qua phép so sánh Tm của các mẫu chứng được lặp lại qua nhiều lần chạy và Tm của các mẫu xác định thành công đại diện cho 3 kiểu gen của SNP. Xác định kiểu gen và phân tích mối tương qua giữa rs12922061 và nguy cơ ung thư vú Tần số alen và kiểu gen của rs1222061 trên bộ mẫu 100 bệnh/chứng được xác định dựa vào kết quả tầm soát kiểu gen bằng phương pháp HRM tối ưu. Phân tích Hardy – Weinberg (HW) cho các bộ mẫu được tiến hành với PHWE >0,05 sự phân bố của SNP trong quần thể khảo sát là cân bằng, nghĩa là bộ mẫu này đại diện cho quần thể người Việt Nam và có thể sử dụng phân tích mối liên quan(3). So sánh sự xuất hiện của alen, kiểu gen nguy cơ trong nhóm bệnh và nhóm chứng bằng thuật toán Chi – square Test nhằm xác định mối tương quan của SNP với ung thư vú. Tần số alen, tần số kiểu gen của SNP ở nhóm bệnh và nhóm chứng tách biệt rõ ràng khi PChi–square <0,05, nói cách khác, rs12922061 liên quan đến nguy cơ mắc ung thư vú. Sự tác của SNP với ung thư vú được phân tích sâu hơn bằng phần mềm phân tích thống kê R, gói SNPassoc. Ước tính độ tin cậy cho nghiên cứu mối liên quan Ước tính độ tin cậy được thực hiện, nhằm xác định sức mạnh thống kê của nghiên cứu mối liên quan giữa SNP mục tiêu với bệnh ung thư vú. Phép tính được tính toán bằng phần mềm R gói EpiR. KẾT QUẢ Cặp mồi HRM đặc hiệu cho rs12922061 thiết kế thành công với các thông số ở Bảng 1. Hình 1. Kết quả khảo sát nhiệt độ bắt cặp mồi của rs12922061 Nghiên cứu Y học Y Học TP. Hồ Chí Minh * Phụ Bản Tập 23 * Số 5 * 2018 Chuyên Đề Y Tế Công Cộng 602 Độ đặc hiệu của cặp mồi được kiểm tra qua kết quả điện di sản phẩm khuếch đại ở khoảng nhiệt độ từ 56 – 68oC (Hình 1). Đồng thời, nhiệt độ bắt cặp tối ưu của cặp mồi (62oC) được lựa chọn để thực hiện phản ứng HRM xác định kiểu gen. Kết quả kiểm tra trên Umelt Hets cho thấy tại nồng độ MgCl2 2mM, sản phẩm khuếch đại từ cặp mồi trên cho ra 3 dạng đường cong nóng chảy đại diện cho 3 kiểu gen của SNP với sự tách biệt rõ ràng nhất (Hình 2). Bảng 1: Cặp mồi HRM đặc hiệu của rs12922061 Mồi Trình tự (5’ – 3’) Chiều dài mồi Chiều dài sản phẩm Tm Khoảng Ta khảo sát Mồi xuôi CCTGGGGCTCATAGTCTACTCA 22 bp 80 bp 66 o C 56 – 59 – 62 – 65 - 68 Mồi ngược TGCCTGTGAGAGAGATAGAAGAGA 24 bp 65 o C Hình 2. Kết quả phân tích bằng biểu đồ dự đoán đường cong nóng chảy 3 kiểu gen của rs12922061. A: đường cong nóng chảy, B: đỉnh nóng chảy trên uMELT HELTS Hình 3. Xác định kiểu gen của một số mẫu DNA bằng phương pháp HRM. (A) Đỉnh nóng chảy, (B) Đường cong nóng chảy Áp dụng điều kiện Ta tối ưu (62oC), nồng độ MgCl2 2mM thực hiện phản ứng HRM xác định kiểu gen một số mẫu DNA. Qua lần chạy đầu tiên, hầu hết các mẫu được khuếch đại thành công, cho ra ba hình dạng đường cong nóng chảy dự đoán là đại diện cho 3 kiểu gen của SNP rs12922061 (Hình 3). Kết quả giải trình tự 3 mẫu DNA bất kỳ đại diện ba dạng đường cong nóng chảy cho ra 3 kiểu gen tương ứng đúng với dự đoán. Bảng 2: Sự tách biệt nhiệt độ giữa 2 đỉnh nóng chảy của 2 kiểu gen đồng hợp ở các nồng độ MgCl2 khác nhau Nồng độ MgCl2 (mM) 2,0 2,5 3,0 3,5 Tm ( o C) 0,5 0,5 0,6 0,6 Sử dụng các mẫu chứng để khảo sát sự tách biệt của 3 đường cong nóng chảy ở các nồng độ MgCl2 khác nhau. Với sự tách biệt nhiệt độ giữa 2 đỉnh nóng chảy của 2 kiểu gen đồng hợp là 0,6oC (Bảng 2), nồng độ MgCl2 3,0mM được ưu Y Học TP. Hồ Chí Minh * Phụ Bản Tập 23 * Số 5 * 2019 Nghiên cứu Y học Chuyên Đề Y Tế Công Cộng 603 tiên lựa chọn để thực hiện phương pháp HRM xác định kiểu gen. Các điều kiện tối ưu cho phương pháp HRM phân tích kiểu gen của rs12922061 được xác định và thể hiện ở Bảng 3. Bảng 3: Thành phần phản ứng và chu trình nhiệt tối ưu của phương pháp HRM Thành phần trong 1 phản ứng HRM Chu trình nhiệt Master mix: 1X MgCl2: 3,0 mM Mồi xuôi: 0,2 M Mồi ngược: 0,2 L DNA: 20 ng/L H2O: thêm đến 10 L Ủ nhiệt: 95 o C trong 300 giây Khuếch đại (40 chu kỳ): 95 o C trong 30 giây 62 o C trong 30 giây 72 o C trong 30 giây HRM: 95 o C trong 90 giây 40 o C trong 60 giây 65 o C trong 90 giây 95 o C trong 1 giây Làm nguội: 37 o C trong 30 giây Đánh giá hiệu quả của phương pháp HRM Tầm soát kiểu gen của 182 mẫu DNA bằng điều kiện HRM tối ưu và đánh giá phương pháp thông qua độ nhạy, độ đặc hiệu và độ ổn định trước khi tiếp tục áp dụng phương pháp này cho tầm soát kiểu gen. Với 180/182 mẫu DNA được xác định thành công kiểu gen, phương pháp HRM tối ưu xác định kiểu gen cho rs12922061 đã xây dựng có độ nhạy 98,9%. Tm lặp lại của các mẫu chứng và các mẫu thành công qua 10 lần chạy đều giao động quanh giá trị Tm trung bình với P >0,05 (Bảng 4), nghĩa là phương pháp xây dựng được đạt độ ổn định cao. 3 đường cong nóng chảy của các mẫu đối chứng và các mẫu thành công qua các lần chạy đều có sự tách biệt rõ ràng với giá trị P <0,001 chứng tỏ qua 10 lần chạy, đường cong nóng chảy của các mẫu chứng và các mẫu thành công đại diện cho 3 kiểu gen của SNP có độ đặc hiệu cao. Tóm lại, điều kiện tối ưu của phương pháp HRM xác định kiểu gen cho rs12922061 có thể sử dụng để tầm soát kiểu gen cho các nghiên cứu sâu hơn với cỡ mẫu lớn. Bảng 4: Sự dao động Tm của các mẫu chứng và các mẫu thành công qua các lần chạy Kiểu gen Khoảng Tm ( o C) Tm trung bình ± SD P (T.test) P (ANOVA) Các mẫu chứng TT 75,90 – 76,04 75,97 0,93 4,46E – 20 (<0,001) CT 77,18 – 77,27 77,23 0,76 CC 77,62 – 77,71 77,67 0,83 Các mẫu thành công TT 75,90 – 76,10 75,99 ± 0,07 0,44 7,34E – 95 (<0,001) CT 77,15 – 77,28 77,22 ± 0,03 0,45 CC 77,52 – 77,72 77,63 ± 0,05 0,63 Xác định tần số kiểu gen và tần số alen của rs12922061 và phân tích mối tương quan với nguy cơ ung thư vú Tần số alen, tần số kiểu gen của rs12922061 trên bộ mẫu 100 bệnh/chứng được xác định dựa trên kết quả phân tích kiểu gen (Bảng 5). Với sự xuất hiện của cả 3 kiểu gen trong bộ mẫu nghiên cứu, tần số alen nguy cơ ở nhóm nhóm bệnh và nhóm chứng cao (>3%), SNP mục tiêu thể hiện tính đa hình cao trong quần thể nghiên cứu, cho thấy tiềm năng trong nghiên cứu mối tương quan với nguy cơ mắc ung thư vú. Giá trị HWE P nhóm bệnh và nhóm chứng đều lớn hơn 0,05 nghĩa là SNP này có sự phân bố cân bằng về tần số alen, tần số kiểu gen ở 2 nhóm nghiên cứu, cỡ mẫu được lựa chọn có thể đại diện cho quần thể người Việt Nam và các kết quả về phân tích mối liên quan giữa SNP và bệnh ung thư vú là đáng tin cậy, phản ánh được mối tương quan giữa SNP với bệnh ung thư vú ở quần thể nghiên cứu. Bảng 5: Tần số kiểu gen và alen của SNP rs12922061 trên bộ mẫu 100 bệnh/ chứng Kiểu gen Alen HWE P value TT CT CC T C Nhóm mẫu Bệnh (n=98) 12 (12%) 41 (42%) 45 (46%) 65 (33%) 131 (67%) 0.65 Chứng (n=100) 18 (18%) 46 (46%) 36 (36%) 82 (41%) 118 (59%) 0.68 PChi – square 0,29 0,09 Nghiên cứu Y học Y Học TP. Hồ Chí Minh * Phụ Bản Tập 23 * Số 5 * 2018 Chuyên Đề Y Tế Công Cộng 604 Giá trị P của tần số alen và tần số kiểu gen của rs12922061 giữa 2 nhóm bệnh/chứng trong phân tích Chi–square Test đều lớn hơn 0,05 chưa cho thấy sự tác động của SNP mục tiêu với ung thư vú. Phân tích hồi quy logistic được tiến hành nhằm kiểm tra sâu hơn về sự tác động của SNP đến nguy cơ mắc bệnh (Bảng 6). Theo đó, alen T dự đoán có khả năng làm giảm nguy cơ mắc bệnh ở quần thể người Việt Nam với tỷ số nguy cơ OR (95% CI)=0,73 (0,64–1,32). Nhận định trên được củng cố qua kết quả phân tích sự tác động của SNP này trên mô hình kiểu gen với tỷ số nguy cơ OR của người mang alen T là 0,66 lần ([CT+TT] vs CC: OR [95%CI]=0,66 [0,37-1,17]). Tuy nhiên, các giá trị P ở 2 mô hình phân tích trên đều lớn hơn 0,05 và độ tin cậy của nghiên cứu 14,9% cho thấy xu hướng tác động làm tăng hoặc giảm nguy cơ mắc bệnh của SNP rs12922061 trên quần thể người Việt Nam chưa thật sự rõ ràng. Bảng 6: Mối liên quan giữa rs12922061 và nguy cơ ung thư vú trên bộ mẫu 100 bệnh/chứng Mô hình OR 95%CI P Độ tin cậy Alen T vs. C 0,73 0,49 – 1,09 0,11 14,9% Kiểu gen (CT + TT) vs. CC 0,66 0,37 – 1,17 0,16 BÀN LUẬN Nghiên cứu này là bước đầu trong việc khảo sát mối tương quan giữa SNP rs12922061 với bệnh ung thư vú ở quân thể người Việt Nam bằng cách sử dụng phương pháp HRM tối ưu xác định kiểu gen của SNP. Bằng các phần mềm chuyên biệt, cặp mồi khuếch đại đoạn trình tự chứa SNP mục tiêu được thiết kế thành công với độ đặc hiệu cao (Hình 1), chiều dài mồi dao động từ 22 – 24bp, nhiệt độ nóng chảy từ 65 – 66oC, sản phẩm khuếch đại có kích thước khoảng 80bp và tạo ra được 3 hình dạng đường cong nóng chảy tách biệt rõ ràng đại diện cho 3 kiểu gen của SNP khi kiểm tra trên Umelt Hets (Hình 2). Phương pháp HRM tối ưu đặc trưng cho SNP mục tiêu được xây dựng (Bảng 3) đã xác định thành công kiểu gen của 180/182 mẫu DNA, đạt độ nhạy (98,9%). Bên cạnh đó, các sản phẩm khuếch đại cho ra được 3 hình dạng đường cong nóng chảy đặc trưng, đại diện cho 3 kiểu gen của SNP với độ ổn định và độ đặc hiệu cao (Bảng 4). Điều này cho thấy có thể sử dụng phương pháp HRM tối ưu để xác định kiểu gen của rs12922061 ở cỡ mẫu lớn. Trong nghiên cứu này, SNP rs12922061 có tính đa hình cao ở quần thể người Việt Nam với sự xuất hiện của cả 3 kiểu gen trong bộ mẫu 100 bệnh/chứng. Tần số alen nguy cơ T của nhóm bệnh và nhóm chứng cao (>33%) cho thấy tiềm năng của SNP mục tiêu trong nghiên cứu mối tương quan với ung thư vú. Trước đây, rs12922061 đã được chứng minh là có khả năng gia tăng ung thư vú khi mang alen T trên quần thể người Nhật Bản và Trung Quốc với tỷ số nguy cơ lần lượt là 1,23 lần (T vs. C: OR [95% CI]=1,23 [1,15–1,31], P <0,001) ở cỡ mẫu 2642 bệnh/2099 chứng(2) và 1,81 lần (T vs. C: OR [95%CI]=1,81 [1,17–2,80]; P=0,008) ở cỡ mẫu 1156 bệnh/1256 chứng(4). Đối với nghiên cứu này, sự tác động của SNP rs12922061 với bệnh ung thư vú ở quần thể người Việt Nam trên bộ mẫu 100 bệnh/chứng vẫn chưa được xác định rõ ràng khi phân tích Chi–square Test với PChi – squar Test >0,05. Phân tích hồi quy logistic cho thấy alen nguy cơ T của SNP này có khả năng làm giảm nguy cơ mắc ung thư vú lên đến 0,73 lần khi phân tích trên mô hình alen và 0,66 lần ([CT + TT] vs CC: OR [95%CI] = 0,66 [0,37-1,17]) khi phân tích trên mô hình kiểu gen (Bảng 6). Tuy nhiên, giá trị P ở 2 mô hình phân tích trên đều lớn hơn 0,05 và độ tin cậy của nghiên cứu chưa cao (14,9%) một lần nữa cho thấy xu hướng tác động làm tăng hoặc giảm nguy cơ mắc bệnh của SNP rs12922061 trên quần thể người Việt Nam chưa thật sự rõ ràng. Sự tác động của rs12922061 đến nguy cơ mắc ung thư vú có thể được xác định cụ thể với độ tin cậy cao (>75%) nếu được thực hiện ở cỡ mẫu lớn (trên 800 bệnh/chứng). Y Học TP. Hồ Chí Minh * Phụ Bản Tập 23 * Số 5 * 2019 Nghiên cứu Y học Chuyên Đề Y Tế Công Cộng 605 KẾT LUẬN Xây dựng thành công điều kiện tối ưu phương pháp HRM xác định kiểu gen của rs12922061 trên 100 mẫu DNA từ bệnh nhân ung thư vú và 100 DNA từ những người khỏe mạnh trong quần thể người Việt Nam với độ nhạy, độ ổn định và độ đặc hiệu cao. Vì thế, phương pháp HRM xây dựng có thể áp dụng trong việc tầm soát kiểu gen của rs12922061. Kết quả bước đầu cho thấy SNP này có tính đa hình cao trong quần thể người Việt Nam với tần số alen T ở nhóm bệnh là 33%, nhóm chứng là 41%. Giá trị P >0,05 trong phân tích chi – square Test và hôì quy logisstic chưa cho thấy mối liên quan giữa rs12922061 với ung thư vú. Tuy nhiên, độ tin cậy của phân tích còn khá thấp (14,9%) chưa đủ để xác nhận vai trò của SNP này trong ung thư vú. Mối liên quan giữa rs12922061 và nguy cơ ung thư vú có thể được xác nhận nếu thực hiện phân tích trên cỡ mẫu 800 cặp bệnh/chứng, với độ tin cậy đạt tới 75%. Lời cảm ơn: Nghiên cứu được tài trợ bởi Đại học Quốc gia Thành phố Hồ Chí Minh (ĐHQG- HCM) trong khuôn khổ Đề tài mã số C2019-18- 23. Các tác giả xin cảm ơn Bệnh viện Ung bướu TP. HCM đã đóng góp cho việc thu thập mẫu. TÀI LIỆU THAM KHẢO 1. Campeau PM, et al (2008). "Hereditary breast cancer: new genetic developments, new therapeutic avenues". Hum Genet, 124(1):31-42. 2. Chen Y, et al (2016). "TNRC9 rs12443621 and FGFR2 rs2981582 polymorphisms and breast cancer risk". World J Surg Oncol, 14(1):50. 3. Easton DF, et al (2007). "Genome-wide association study identifies novel breast cancer susceptibility loci". Nature, 447 (7148):1087-1093. 4. EL Baiomy MA, et al (2017). "ERCC1 Expression in Metastatic Triple Negative Breast Cancer Patients Treated with Platinum- Based Chemotherapy". Asian Pac J Cancer Prev, 18(2):507-513. 5. GLOBOCAN (2018). GLOBOCAN 2018: Estimated number of incident cases and deaths worldwide. URL: fact-sheets.pdf. 6. Kabat GC, et al (2011). "A Cohort Study of p53 Mutations and Protein Accumulation in Benign Breast Tissue and Subsequent Breast Cancer Risk". J Oncol, pp.970804. 7. Nguyen Thi Hue, Phan Tuan Phong, Nguyen T. Thao. Linh, et al (2012). "Extraction of Human Genomic DNA from Dried Blood Spots and Hair Roots". International Journal of Bioscience, Biochemistry and Bioinformatics, 2(1):1-6. Ngày nhận bài báo: 15/08/2019 Ngày phản biện nhận xét bài báo: 31/08/2019 Ngày bài báo được đăng: 15/10/2019