Bản đồ di truyền qtl chống chịu mặn của cây lúa giai đoạn mạ thông qua phân tích quần thể phân ly hồi giao bằng kỹ thuật SSR marker

Hội thảo Quốc gia về Khoa học Cây trồng lần thứ hai 1 BẢN ĐỒ DI TRUYỀN QTL CHỐNG CHỊU MẶN CỦA CÂY LÚA GIAI ĐOẠN MẠ THƠNG QUA PHÂN TÍCH QUẦN THỂ PHÂN LY HỒI GIAO BẰNG KỸ THUẬT SSR MARKER Nguyễn Thị Lang1, Nguyễn Trọng Phước1, Trần Bảo Tồn2, Trần Minh Tài1, Bùi Chí Bửu2 1. Viện lúa ĐBSCL 2. Viện Khoa học Nơng nghiệp Miền Nam TĨM TẮT Thí nghiệm được thực hiện trên quần thể backcross (BC 2F2) đã được phát triển với bố mẹ bao gồm OM5629 chống chịu mặn và OM7347 là giống phẩm chất tốt và khơ hạn. Hai trăm năm mươi ba BC 2F2 dịng được đánh giá ở giai đoạn mạ tại CLRRI. Đánh giá sự liên kết nầy dựa trên SSR 390. Trên quần thể BC2F2: OM7347/OM5629 liên kết trên nhiễm sắc thể 1 nhiễm sắc thể 3. Đây là một trong những báo cáo đầu tiên đề cập đến khả năng chịu mặn gen gắn thẻ dựa trên SSR cĩ dân số tiên tiến backcross (BC 2F2). OM7347/OM5629 / / OM7347 cĩ nguồn gốc alen gần như nằm ở ba nhĩm chỉ thị RM3252-S1-RM10694, RM3740-RM5336; RM11125-RM9 liên kết với khả năng chịu stress NaCl (EC = 8-15dS/m) ở giai đoạn mạ, ở khoảng cách 4.4 cM, 4.5.9 và 19 cM trong nhiễm sắc thể 1 theo thứ tự. Trong trường hợp của nhiễm sắc thể 3 quần thể nầy cũng được tạo liên kết với RM3867-RM6959 ;RM3867-RM6959 và RM6876-RM4425 của các nhiễm sắc thể 3 ở khoảng cách 4,5 và 18 cM. Điều này cho thấy rằng các đặc điểm định lượng QTL trên nhiễm sắc thể 1 và 3 điều khiển chịu mặn với nồng độ mặn EC = 8 -12dS/m. Việc xác định cung cấp cơ sở cho việc phát triển hiệu quả cho khả năng chịu mặn giai đoạn mạ với mức EC = 8 -15dS/m. Các chỉ thị RM3252-S1 (nhiễm sắc thể số 1) và RM3867 (nhiễm sắc thể số 3) thể được sử dụng hiệu quả sau khi đã kiểm chứng trên quần thể OMCS2000/Pokkali //OMCS2000 Từ khĩa: Mặn, giai đoạn mạ, SSR, QTL (Bản đồ số lượng) I. ĐẶT VẤN ĐỀ Thách thức lớn bắt nguồn từ sự thiếu nước tồn cầu. Ảnh hưởng khơ hạn và xâm nhập mặn của các vùng trong năm 2016 vẫn được xác định như là những hạn chế quan trọng nhất trong sản xuất lúa ở nhiều vùng sản xuất lúa gạo của ĐBSCL bởi nhiều lý do, trong đĩ sự thay đổi của mơ hình lượng mưa, sự phân bố khơng đồng đều của lượng mưa trong thời vụ phát triển của cây lúa, và lượng mưa khơng đồng đều ở nhiều khu vực và ảnh hưởng của nước biển xâm vào đất liền trong vụ Đơng Xuân năm 2016. Điều này cần nghiên cứu bổ sung để giúp cho cây lúa chống chịu mặn cao hơn. Trong năm 2001 (Lang và ctv 2001a) đã xây dựng thành cơng bản đồ mặn sử dụng kỹ thuật RFLP trên quần thể lai đơn xem xét trên giai đoạn mạ và dùng SSR để tách gen chịu mặn giống lúa Đốc Phụng và IR 29 với chỉ thị RM223 trên nhiễm sắc thể số 8 (Lang và ctv 2001b) Mới đây, người ta áp dụng phương pháp này trong quần thể con lai cận giao tái tổ hợp của 'CSR11/MI48' chống chịu mặn ở giai đoạn phát dục. Đánh giá kiểu gen dịng bố mẹ và con lai “RIL bulks”, dựa trên cơ sở cho điểm nhiễm mặn (salt sensitivity index) theo năng suất hạt, cho thấy cĩ 6.068 chỉ thị SNPs đa hình và 21 vùng chứa QTL mục tiêu. BSA bằng bộ chip 50K SNP cho thấy cĩ 5.021 loci đa hình và 34 vùng QTL mục tiêu. Đây khơng những chỉ xác định vị trí của những QTL được hình thành trên bản đồ trước đĩ, mà cịn xác định nhiều vị trí QTL mới, cung cấp cho chúng ta cách tiếp cận nhanh nhất để quét (scan) trên tồn bộ genome phục vụ lập bản đồ QTLs đối với những tính trạng vơ cùng phức tạp cĩ tính số lượng trong bộ gen cây lúa ( C4831760/). Trong nghiên cứu này, chúng tơi xin đưa ra kết quả xây dựng bản đồ số lượng trên cây lúa chống chịu mặn giai đoạn mạ thơng qua quần thể phân ly BC2F2 bằng kỹ thuật SSR marker. II. VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 2.1. Địa điểm thí nghiệm - Trồng và thí nghiệm lai hồi giao được thực hiện tại Viện Lúa ĐBSCL; VIỆN KHOA HỌC NƠNG NGHIỆP VIỆT NAM 2 - Marker assisted selection (MAS) được tiến hành tại Phịng Sinh học Phân tử của cơng ty Cơng Nghệ Sinh học PCR Cần Thơ. 2.2. Vật liệu nghiên cứu Kiểu gene lúa được dùng trong thí nghiệm: - Các dịng BC2F2 nguồn gốc lai từ OM7347/OM5629 được sử dụng như cá thể cho gene của QTL liên quan đến khả năng chịu mặn và hàm lượng amylose thấp để thiết lập bản đồ; - Quần thể BC3F6 phát triển từ OMCS2000/Pokkali//OMCS2000 (Lang 2015). 2.3. Phương pháp nghiên cứu Thanh lọc mặn: Thanh lọc mặn theo Gregorio (1997) Đánh giá kiểu gen theo Lang (2002): a/ Kết quả kiểm tra chất lượng DNA Các mẫu DNA của tổ hợp OM7347/OM5629 được kiểm tra chất lượng trên mơi trường agarose gel 0,9% trong TAE 1X. Sau khi điện di xong, nhuộm gel với Ethidiumbromide, rồi đem gel vào máy chụp dưới tia UV. b/ Sản phẩm phản ứng PCR với marker SSR Phản ứng được tiến hành với các mẫu dựa trên DNA thu được từ các mẫu lá các dịng lúa đã ly trích. Phản ứng PCR được tiến hành với 769 SSR marker. Sản phẩm khuếch đại được tạo ra từ những primer này được điện di trên gel agarose 3% với đệm TBE 1X, sau đĩ đem nhuộm Ethidiumbromide, sản phẩm tạo thành sẽ thể hiện trên băng hình gel chụp dưới tia UV. Phân tích QTL theo phần mềm QGene và MapMarker (Lander và ctv., 1987). Phương pháp phân tích marker đơn (SMA) để xác định vùng giả định trên các đoạn của nhiễm sắc thể cĩ liên quan đến tính trạng đã được đánh giá kiểu hình. Phương pháp phân tích bản đồ cách quãng (interval mapping: IM) để gạn lọc các chỉ thị và làm rõ hơn vùng được giả định, nơi cĩ những gen đích điều khiển tính trạng đang nghiên cứu. Áp dụng thang điểm LOD ≥ 3,0 để xác định những marker thật sự cĩ ý nghĩa về mặt thống kê, liên kết với gen mục tiêu. Áp dụng giá trị R2 ≥ 10 % để xem QTL đang nghiên cứu giải thích được ≥10 % biến thiên kiểu hình (giá trị càng lớn càng tốt), khẳng định mức độ tin cậy của QTL và chỉ thị phân tử trong liên kết với gen điều khiển tính trạng ấy. Sử dụng GRAMENE để mở rộng vùng giả định với những chỉ thị mới, phục vụ cho tìm kiếm đa hình và thu hẹp vùng mục tiêu ở qui mơ tin cậy tốt hơn, để chạy trên quần thể đang phân ly. Trong phương pháp SMA, khả năng thống kê được dựa trên phép thử (t-test), phân tích phương sai và trắc nghiệm mơ phỏng theo dạng tuyến tính. Trong phương pháp bản đồ cách quãng, khả năng thống kê dựa trên một hệ phương trình tuyến tính với con lai hồi giao, trắc nghiệm mơ phỏng thơng qua giá trị “log likelihood”. 253 cá thể của quần thể hồi giao BC2F2 thuộc OM7347/OM5629//OM7347, được đo đếm 2 tính trạng độ mặn ở EC=8 DS/m và EC= 15 DS/m, xây dựng dữ liệu trong Excel. Tập hợp giá trị kiểu hình theo hàng, tên dịng theo cột. 416 SSR đa hình (trong tổng số 769 chỉ thị) được tập hợp trong Excel theo hàng và các cá thể của hai quần thể hồi giao được tập hợp theo cột trong Excel. Ghép hai cơ sở dữ liệu theo QGene, MapMarker và GGT (graphic genotyping), để các phần mềm này xử lý. Tính trạng nào khơng đạt tiêu chí phân bố chuẩn, sẽ bị loại, chỉ giữa lại tối đa 2 tính trạng đặc trưng nhất khi bị stress mặn ở giai đoạn mạ. Xây dựng bản đồ QTL và tiến hành phân tích QTL. Xem xét kỹ ảnh hưởng kiểu hình từ bố hoặc mẹ (giá trị DPE: Direction of phenotypic effect), giá trị tính cộng (mức độ ảnh hưởng của các alen đồng hợp tử) và xác suất tin cậy thơng qua sai số rất nhỏ (gần bằng khơng) (Tanksley et al ., 1989). Hội thảo Quốc gia về Khoa học Cây trồng lần thứ hai 3 III. KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 3.1. Bản đồ QTLs bổ sung cho tính chống chịu mặn bằng cách sử dụng nguồn cây ở giai đoạn mạ Bản đồ được thực hiện trên 253 cá thể trên quần thể OM7347/OM5629//OM7347 quần thể lai trên 12 nhiễm sắc thể để xác định và tạo sự liên kết các gen thơng qua chỉ thị phân tử trên cả hai gen chịu khơ hạn và chịu mặn OM7347/OM5629//OM7347 (Giống OM7347 mang gen chống chịu khơ hạn) được thực hiện: đã tìm đa hình trên 416 chỉ thị phân tử trong số 769 chỉ thị SSR cĩ đa hình với bố mẹ. Phân tích bản đồ liên kết, tổng cộng cĩ 769 marker SSR đã ghi nhận từ điện di gel agarose và điện di polyacrylamide và nhuộm bạc, được sử dụng để phân tích bản đồ liên kết. Tổng cộng cĩ 416 marker được sử dụng tuy nhiên chỉ cĩ 416 marker được sử dụng để liên kết nhĩm và dùng lập bản đồ. Chuỗi mã trình tự của chỉ thị SSR được dùng phân tích được ghu nhận đa hình trên quần thể OM7347/OM5629//OM7347 theo bảng 1. Mười hai nhĩm liên kết được xây dựng, bao gồm tổng chiều dài 4 447,5 cM, với một khoảng cách trung bình 10,69 cM giữa marker lân cận. Bảng 1. Danh sách các chỉ thị phân tử và chiều dài liên kết trên 12 nhiễm sắc thể khác nhau STT Nhiễm sắc thể Chỉ thị Chiều dài Trung bình 1 1 72 872,3 12,11 2 2 48 518,4 10,8 3 3 53 549,7 10,37 4 4 31 254,6 8,21 5 5 33 414,5 12,56 6 6 27 411 15,22 7 7 21 213,3 10,14 8 8 21 153,3 7,30 9 9 45 385,7 8,57 10 10 19 198,2 10,43 11 11 23 232 14,04 12 12 23 244,7 10,63 Tổng cộng 416 4447,5 10,69 Hình 1. Phân tích bản đồ liên kết gen trên 12 nhiễm sắc thể của quần thể BC2F2 với OM7347/OM5629//OM7347 qua 416 chỉ thị SSR. Hội thảo Quốc gia về Khoa học Cây trồng lần thứ hai 4 ? Phân tích bản đồ QTL Mục đích chúng tơi là để làm sáng tỏ cơ sở di truyền và sinh lý của các tính trạng chống chịu mặn, nhận dạng, chồng lắp các QTL và gen cĩ lợi. Phân tích CIM được ghi nhận cho thấy cĩ bốn QTLs đáng kể với tính kháng trong BCF2, tương ứng chỉ thị đã được phát hiện giữa marker khoảng cách (khoảng cách 10,69 cM). Các QTL chính và phụ được nằm rãi rác trên nhiễm sắc thể số 1 được phát hiện chỉ với một giá trị kiểu hình đĩng gĩp là 13,33%, 30,48% và 37,14% được định vị giữa hai marker (bảng 1). QTLs chống chịu mặn trên nhiễm sắc thể số 1 là một QTL cĩ tác động chính, được nằm giữa và cĩ giá trị > 50% giá trị của PVE. Điều này cũng phù hợp việc sử dụng phân tích QTL đối với gen chịu mặn. Quần thể con lai BC2F2 trên nhiễm sắc thể số 1, 6, 8 và 9 ở giai đoạn mạ với EC = 18 dS/m (Lang và ctv., 2001). Lee cũng đã xác định ba QTLs trên 3 nhiễm sắc thể, QTL tập trung trên nhiễm sắc thể số 1, số 12. Lee và ctv., (2007) báo cáo rằng tính chống chịu mặn tập trung vào 2 QTL (QST01 và QST-3) trên nhiễm sắc thể số 1 và nhiễm sắc thể số 3. Gần đây, Thomson và ctv. (2010) báo cáo rằng cĩ 4 QTL kiểm sốt gen mặn: một là QTL trên nhiễm sắc thể số 1, 1 QTL nhiễm sắc thể số 2 (QTL 2), 1 QTL trên nhiễm sắc thể số 3 (QTL-3) và 1 trên nhiễm sắc thể 12 (QST-12). Sử dụng marker QTL liên kết để chọn lọc với sự trợ giúp của marker (MAS), gắn kết chặt chẽ và liên kết bên là cần thiết. Một marker nằm trên nhiễm sắc thể số 1, marker gần nhất chống chịu mặn, cho các alen đồng trội đơn dễ dàng cho việc đánh giá chọn lọc bằng chỉ thị phân tử. Chỉ thị phân tử (RM3532-S) trên nhiễm sắc thể số 1 liên kết chặt với gen chịu mặn với khoảng cách là 4,6 cM. Những kết quả này sẽ rất hữu ích cho việc chọn lọc với sự trợ giúp của marker và lai chồng hai gen khác nhau trong việc chọn giống trong tương lai. Hình 2. Mơ tả LOD cho QTL tác động chính chống chịu mặn trên nhiễm sắc thể số 1 và số 3, ba vùng QTL trên chỉ thị phân tử (RM3532); RM3740-RM5336 và RM11125-RM9 trên nhiễm sắc thể số 1 và QTL trên vùng RM3867-RM6959 và RM6876-RM4425 với tính trạng thời gian sống sĩt và mức độ chống chịu mặn của quần thể BC2F2 giai đoạn mạ sau khi stress mặn ở EC= 8 DS/m (màu xanh dương) và 15 DS/m Hội thảo Quốc gia về Khoa học Cây trồng lần thứ hai 5 Bảng 2. QTL tác động chính được phát hiện bởi phân tích bản đồ khoảng cách tổng hợp đối với tính chống chịu mặn trong quần thể BC2F2 trên tổ hợp lai OM7347/OM5629//OM7347 trong giai đoạn mạ NST QTL Vị trí liên kết (CM) CIM (Interval CM) LOD A D R 2 1 SD QTL-1 4,4 RM3252-S-RM10694 4,3 0,29 15,18 13,33 1 SD QTL-1 4,5 RM3740-RM5336 2,8 13,15 23,67 30,48 1 SEIQTL-1 18 RM11125-RM9 3 11,43 81,08 37,14 3 SD QTL-3 4,5 RM3867-RM6959 4,6 12,56 23,67 11,41 3 SEIQTL-3 18 RM6876-RM4425 17,1 4,85 24,5 17,4 P< 0.05; ** P < 0.01; *** P < 0.001, cA: ảnh hưởng cộng tính, dD: ảnh hưởng trội, R2 : đĩng gĩp của kiểu hình . Ứng dụng khai thác các dịng hồi giao từ BC3F6 được đánh giá với chỉ thị RM3252- S1-1 ghi nhận cho thấy các cây đồng trội và dị hợp rất rõ và luận chứng này để chứng minh chỉ thị phân tử cho gen chịu mặn thành cơng. Hầu hết các dịng cho nhiễm mặn chỉ cĩ dịng số 7 cho gen alen cùng với giống Pokkali. Trong quần thể này cây tách ra cĩ hai cây dị hợp. Tương tự trên quần thể BC3F6 từ OMCS2000/Pokkali//OMCS2000 để kiểm chứng với 24 cây kháng và nhiễm với nồng độ mặn EC=15DS/M. Sau khi đánh giá bằng chỉ thị phân tử với chỉ thị RM3867 cũng ghi nhận 1 dịng số 7 mang gen mặn cũng với chỉ thị của RM3252-S1-1. A B Hình 2. Phản ứng PCR của 24 cá thể BC3F6 từ tổ hợp OMCS2000/Pokkali//OMCS2000 gen chống chịu mặn với hình(A): Chỉ thị hình RM3252-S1-1; Chỉ thị RM3867 hình ( B) Ghi chú: M: là marker chuẩn (phi 174/Hae III) Những giống lúa cao sản mới chọn tạo thường tỏ ra nhiễm mặn khi cĩ stress mặn cực rộng xảy ra. Những giống lúa bản địa chống chịu được mặn biết rất ít thơng tin di truyền về các khu vực QTL trong bộ genome của chúng (QTLs) và những gen chủ lực liên quan đến chức năng chống chịu mặn. Ở đây, nghiên cứu này đã mơ tả một phương pháp tiếp cận mới để nhanh chĩng phát hiện ra những QTLs chống chịu mặn ở giai đoạn mạ thơng qua kỹ thuật phân tích dịng con lai phân lý hồi giao ở thế hệ BC2 từ tổ hợp OM7347/OM5629. Số dịng BC2F2 với hai kiểu hình cực đoan (đối trọng nhau) được tối ưu hĩa mỗi quần thể là 230 dịng. Bố mẹ được đánh giá kiểu gen thơng qua 12 nhiễm sắc thể với kỹ thuật SSR để xác định các khu vực của genome biểu hiện tính chất “homogeneity” (đồng dạng) đối với các alen đối trọng nhau (kháng và nhiễm) của những chỉ thị SSR đa hình trong 2 quần thể lai hồi giao. Áp dụng phương pháp này trong quần thể con lai chống chịu mặn ở giai đoạn mạ. Đánh giá kiểu gen dịng bố mẹ và con lai “BC2F2”, dựa trên cơ sở cho điểm nhiễm mặn (salt sensitivity index) theo năng suất hạt, cho thấy cĩ 416 chỉ thị SSR đa hình 12 nhiễm sắc thể, biểu hiện đặc điểm “homogeneity” của những alen đối trọng trong 2 quần thể “hồi giao”. Phương pháp VIỆN KHOA HỌC NƠNG NGHIỆP VIỆT NAM 6 này được minh chứng rõ ràng hơn trên quần thể OM7347/OM5629 sử dụng trước đĩ để lập bản đồ QTL chịu mặn với chỉ thị SSR. Đây khơng những chỉ xác định vị trí của những QTL được hình thành trên bản đồ trước đĩ, mà cịn xác định nhiều vị trí QTL mới,như nhiễm sắc thể số 3 mà trước đĩ chưa tìm được . Từ dữ liệu này cung cấp cho chúng ta cách tiếp cận nhanh nhất để quét (scan) trên tồn bộ genome phục vụ lập bản đồ QTLs đối với những tính trạng vơ cùng phức tạp cĩ tính số lượng trong bộ gen cây lúa. Đề tài cũng sử dụng quần thể BC3F6 từ một tổ hợp lai OMCS2000/Pokkali //OMCS2000 để kiểm chứng với hai nhiễm sắc thể số 1 và 3 trên hai chỉ thị phân tử RM3252- S1-1 và RM3867 để khẳng định gen chống chịu mặn và ứng dụng trong chọn giống. IV. KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ Xây dựng bản đồ được thực hiện trên 253 cá thể thuộc quần thể OM7347/OM5629//OM7347 trên 12 nhiễm sắc thể để xác định và tạo sự liên kết các gen với 416 chỉ thị SSR; - Bốn QTLs trong BC2F2 và QTL chính và phụ được nằm rãi rác trên nhiễm sắc thể số 1 được phát hiện chỉ với một giá trị kiểu hình trên EC=15DS/m đã đĩng gĩp là 3,33%, 30,48% và 37,14% được định vị giữa hai cặp marker RM3252-S-RM10694; RM3740- RM5336 và RM11125-RM9. Đối với nhiễm sắc thể số ba thì cĩ hai QTL và các QTL này cĩ giá trị kiểu hình đĩng gĩp là 11,41%, 17,4% tương ứng với hai cặp chỉ thị phân tử RM3867- RM6959 và RM6876-RM4425 theo thứ tự . Qua chọn lọc quần thể OMCS2000/Pokkali//OMCS2000 cho thấy dịng số 7 mang trên hai chỉ thị RM3252-S1-1 và RM3867. Dịng số 7 này sẽ được đánh giá và chọn lọc các thế hệ tiếp theo để đánh giá về độ thuần các tính trạng khác. LỜI CẢM ƠN Tác giả chân thành cám ơn đề tài “Nghiên cứu ứng dụng cơng nghệ tiên tiến chọn tạo giống lúa thuần chống chịu mặn-hạn thích nghi với điều kiện canh tác lúa vùng nhiễm mặn thuộc Đồng bằng sơng Cửu Long: Cảm ơn Chương trình Đổi mới cơng nghệ quốc gia Cơng Nghệ của Bộ khoa học và Cơng Nghệ, Bộ Nơng Nghiệp và phát triển Nơng , đã cấp kinh phí cũng như thảo luận số liệu. Cám ơn cán bộ của Bộ mơn di truyền chọn giống ,Viện Lúa ĐBSCL, Viện Khoa học Nơng Nghiệp Việt Nam tạo điều kiện để thực hiện đề tài này. Cám ơn Cơng ty Cơng Nghệ sinh học PCR Cần Thơ đã hổ trợ thiết bị để phân tích. TÀI LIỆU THAM KHẢO Gregorio, G.B., Senadhira, D., Mendoza, R.D., 1997. Screening rice for salinity tolerance, IRRI Discussion paperSeries, No.22. International Rice Research Institute, Los Bađos. Laguna, Philippines. Lander, E.S., Botstein, D., 1987. Mapping Mendelian Factors Underlying Quantitative Traits Using RFLP Linkage Map. Genetics, 121: 185-199. Lee, S.Y., Ahn, J.H., Cha, Y.S., et al., 2007. Mapping QTLS related to salinity tolerance of rice at the young seedling stage. Plant breed, 126: 43-46. IRRI. 1996. Standar evaluated for germplasm in rice. Note book, Philippines. Nguyễn Thị Lang, 2002. Những phương pháp cơ bản trong cơng nghệ sinh học. NXB Nơng nghiệp, TP.HCM. Nguyen Thi Lang, Seiji, Yanhanagihara and Bui Chi Buu, 2001a. A microsatellite marker for a gene conferring salt tolerance on rice at the vegetative and reproductive stages. SABRAO Breeding & genetic:1: 1-10. Nguyen Thi Lang, Seji Yanagihara and Bui Chi Buu, 2001b. QTL analysis of salt tolerance in rice. SABRAO Journal of Breeding:1:11- 20. Nguyễn Thị Lang , Lê Quang Lộc. 2015. Thanh lọc mặn trong quần thể hồi giao trong chọn giống ngập và mặn phục vụ Đồng bằng sơng Cửu Long. Nhà xuất bản Nơng nghiệp: 190- 229. T. Lang Nguyen, G.Zhang, G, Magpantay, S.S. virmani, n.Huang, D.s. Brar, j.Bennet, G.S Khush, Z.Li ., 2000. PCR- base DNA markers for fertility restoration gene Rf-3 and thermosensitive male sterility genes. Nethern: 22-36. TKon, MJ, Ocampo, MD, Egdane, J., et al., 2010. Characterizing the saltol quantitative trait Hội thảo Quốc gia về Khoa học Cây trồng lần thứ hai 7 locus for salinity tolerance inrice. Rice, 3: 148-160. 831760 ABSTRACT QTL map of rice salt-tolerance at seedlinf stage though analysis backcross by SSR marker An advanced backcross population (BC2F2) were developed with the parents included OM5629 as the donors of salt tolerance and OM7347 as the recurrent parents with good quality traits and drought tolerance. Two hundred fifty three BC 2F2 lines were evaluated at seedling stage in the green house at CLRRI. Molecular markers associated with both qualitative and quantitative trailt loci (QTL) salt tolerance were identified by using 419 SSR primers. There are common markers from the BC2F2 populations: OM7347/OM5629 in chromosome 1 and chromosome 3. This is one of the reports mentioning quantitative trailt loci (QTL) salt tolerance gene tagging based on SSR with advanced backcross populations (BC2F2). PM7347/OM5629//OM7347 derived alleles nearly located at RM3252-S-RM10694, RM3740-RM5336; RM11125-RM9 associated with stress tolerance to NaCl (EC = 15dS/m) at seedling stage, at a distance of 4.4cM, 4.5.9 and 19 cM in chromosome 1. In case of chromosome 3 this population linked with RM3867-RM6959 and RM6876-RM4425 of chromosome 3 at a distance of 4.5 and 18 cM. This suggests that quantitative trait loci on chromosomes 1 and 3 control salt tolerance at EC = 8-15dS/m. The identification provides the basis for developing a more efficiently for salt tolerance at EC=8 -15 DS/m at seeling stage. Microsatellite markers on chromosome 1, 3 may be used efficiently in rice breeding marker-assisted selection after checked with OMCS2000/Pokkali/OMCS2000 Keywords: Salt, seedling stage, SSR, QTL (quantitative trait loci) Người phản biện: TS. Khuất Hữu Trung